न्यायालयाच्या निर्णयात म्हटले आहे की, वर्ष २०१६ च्या नियमनात केवळ अनुदानापासून वंचित रहाण्याबद्दल प्रावधान आहे; परंतु ‘मान्यता नसणे’ या आधारावर मदरसा बंद करण्याचे प्रावधान नियमावलीत नाही. त्यामुळे अशा संस्थांना त्यांच्या शैक्षणिक कार्यात चालू रहाण्यापासून रोखण्याचा अधिकार सरकारकडे नाही.