देवकीनंदन ठाकुर ने मुसलमान , ईसाई, सिख, बौद्ध, पारसी और जैन समुदाय को राष्ट्रीय अल्पसंख्यक घोषित करने वाली केंद्र सरकार की १९९३ की अधिसूचना के विरोध उच्चतम न्यायालय में याचिका प्रविष्ट की है । उन्होंने याचिका में यह भी कहा है कि अधिसूचना मनमाना, तर्कहीन और संविधान के अनुच्छेद १४, १५, २१, २९ एवं ३० के विरूद्ध है।