आतापर्यंत अझहरी यांच्यावर अनेकदा द्वेषयुक्त भाषण केल्याचे आणि असहिष्णूतेला प्रोत्साहन दिल्याचे आरोप झालेले आहेत. वर्ष २०१८ मध्ये कर्नाटक येथेही हिंदूंविरोधी टिपणी केल्याचा गुन्हा त्यांच्यावर अद्याप नोंद आहे. सध्या ते जामिनावर आहेत.